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Les autopsies sont réalisées par Ducky dans son laboratoire. Avant de commencer l'autopsie, Ducky, en tant que médecin légiste, doit s'assurer de l'état du corps sur les lieux du crime. Là, il prend la température du corps, fait un bref "diagnostic" afin de donner les premiers éléments à Gibbs puis il donne le feux vert à son assistant pour déplacer le corps et le transporter au quartier général du NCIS. Celà lui permet ensuite d'éxaminer plus en détails le corps et par conséquent de donner plus d'informations à Gibbs et à l'équipe.
Pendant que les agents de terrain s'occupent de rechercher le coupable, Ducky procède à l'autopsie afin de trouver des indices pouvant aider l'enquête. Les découvertes de Ducky sont souvent capitales dans l'enquête et Gibbs s'appuie souvent sur lui, puisque Ducky donne souvent de bonnes hypothèses.
Lorsque l'autopsie est terminée, Ducky "referme" le corps pour ensuite l'envoyer à la morgue et le rendre présentable à sa famille. En attendant, il le stocke dans des compartiments réfrigérés situés dans la salle. Il arrive parfois que le corps soit volontairement laissé sur la table d'autopsie. Cela permet à Gibbs de le montrer aux principaux suspects de l'enquête afin de les choquer et pour qu'ils se décident à dire la vérité.