Une base militaire top secrète, une livraison plutôt spéciale fait une arrivée inattendue, un corps non identifié dont la présence n'a aucune explication. L'équipe de Gibbs, qui avait passé la matinée à attendre un coup de fil important est dépêchée sur les lieux. Tandis que McGee et Tony font la relève des indices habituelle, Ziva elle prend plus de photos des gardes de la base et ce qu'ils font, que de la scène du crime. Mais c'est la réaction de Ducky à la vue du cadavre qui va être inhabituelle.
Après le départ des deux fourgons habituels de l'agence, McGee s'installe dans un troisième à proximité de la base pour rester en contact avec Tony et Ziva entrés clandestinement dans l'astreinte militaire. La mission est suivi par Gibbs et le directeur en direct du MTAC, Mais aussitôt entrés, l'alarme se déclenche.
FLASHBACK : Trois jours plutôt, Gibbs ordonne à Ziva, Tony et McGee de trouver un plan pour s'introduire dans une base militaire sous haute sécurité qui détient le projet Domino, c'est à dire le plan militaire des Etats-Unis dans le cas d'une attaque militaire au Moyen-Orient, en particulier Israel. Tandis que les trois agents s'affaire à créer un bon plan, le comportement d'Abby semble plutôt suspect, elle ferme sa porte tout le temps, éteint ses machines à l'arrivée de qui que ce soit... enfin, elle a toujours été bizarre, mais cette fois, ça sortait de SON ordinaire.
Aidé par l'agent Lee, qui leur a donné de bonnes idées sans même savoir de quoi ils parlaient, Tony, Ziva et McGee élabore leur plan pour s'introduire dans la base, mais Gibbs les préviens que les gardes ne sont pas impliqué, et donc, s'ils sont démasqués, leurs adversaires auront des armes avec des balles réelles, d'où l'ordre de ne surtout pas résister en cas de capture.
RETOUR AU PRESENT : Démasqués, les gardes affluent de toute la base pour intercepter des deux intrus, mais allant contre l'ordre direct de Gibbs dans leurs oreillettes, Ziva d'abord, suivie de Tony qui s'est empressé de l'aider, les deux agents se battent contre leurs assaillants et finissent tous les deux dans les évanouis et bien amochés.
A leur réveil, ils découvrent qu'ils ont fait partie d'un plus grand plan que celui qu'ils avaient élaboré, un plan visant à découvrir l'espion qui infiltré dans l'agence du NCIS, un espion que tout le monde pensait être Langer, sauf Gibbs ! Et cela, en mettant le projet Domino comme appât.
La réalité est plus difficile à accepter pout Tony, à qui ça rappelle les plans secrets aux quels il s'était mêlé à l'époque de l'ancien directeur, et se sent visé par Vance ce qui le fait enter dans une rage folle qu'il exprime d'abord avec Ziva, mais ensuite, plus véhément avec Gibbs !
Tout le monde est rassemblé dans l'entrepôt de l'agence, le directeur explique alors la mission secrète et son but, avant de présenter un engin électronique fabriqué spécialement pour détecter une substance chimique qui en s'incrustant sous la peau émet des radiations pendant des jours, une substance qui avait été mise sur ce qui contenait le projet Domino dans la base militaire, et donc, toute personne ayant eu accès l'aurait eu sur les doigts. Il commence le test sur Gibbs avant de passer aux autres, un à un l'engin ne montrait aucun signe, jusqu'à ce qu'il arrive sur les doigts d'Abby et là, à la grande surprise de tout le monde, les résultats sont formels, ce qui choqua tout le monde, l'agent Lee la première qui se trouvait à côté d'elle et qui semblait paniquée.
Abby est mise dans une salle d'interrogatoire, McGee vient lui dire qu'il y avait sûrement une erreur, et qu'il était sûr de son innocence, mais elle garde le silence.
Vance, quant à lui demande à Lee de se renseigner sur la possibilité de faire venir un avocat à Abby sans que l'affaire ne s'ébruite, ce qu'elle lui promet de faire. Elle quitte alors l'agence vers une destination inconnue, et dehors elle se fait interceptée par Gibbs, Tony et Ziva après avoir découvert qu'elle donnait un code à ses supérieurs !
Dans la salle d'interrogatoire, Abby explique à McGee qu'elle faisait partie du plan depuis le début et qu'elle n'était pas du tout suspect, bien au contraire, c'est elle qui avait préparé la substance.
Lors de son interrogatoire, Michelle Lee explique qu'elle n'avait pas le choix, et qu'elle ne connaissait pas ses supérieurs, mais elle était obligée de leur obéir puisqu'ils avaient kidnappé sa fille, une qui n'existe pas dans son dossier, Gibbs semble la croire contrairement à Vance qui trouve que c'est une bonne ruse pour attendrir son cœur.
Toute l'équipe est réunie en fin de journée dans l'open space, ils discutent de ce qui va arriver à Lee maintenant qu'elle est découverte, c'est là qu'elle arrive en leur disant au revoir avant de s'introduire dans l'ascenseur et partir.
Installé dans sa voiture, elle découvre la carte de Langer sur son rétroviseur et un regard qui l'observe de derrière, c'était Gibbs.
